Μεταγραφωμική Ανάλυση σε επίπεδο μοναδιαίων κυττάρων (single cell RNAseq) σε ασθενείς με Μακροσφαιριναιμία του Waldenström

Η Θεραπευτική Kλινική (Νοσοκομείο Αλεξάνδρα) της Ιατρικής Σχολής  του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ) σε συνεργασία με την Ελληνική Ερευνητική Υποδομή για την Εξατομικευμένη Ιατρική (pMedGR) που λειτουργεί στο Κέντρο Νέων Βιοτεχνολογιών και Ιατρικής Ακριβείας (ΚΕΝΕΒΙΑ) δημοσιεύουν στο περιοδικό Hemasphere της European Hematology Association την πρωτότυπη μελέτη που αφορά στην μεταγραφωμική ανάλυση σε επίπεδο μοναδιαίων κυττάρων σε ασθενείς με μακροσφαιριναιμία Waldenström που είτε φέρουν την μετάλλαξη MYD88L265P είτε δεν έχουν την σωματική αυτή μετάλλαξη (MYD88WT).

Η τεχνολογία της ανάλυσης μοναδιαίων κυττάρων (Single Cell analysis unit) με την πλατφόρμα Chromium Controller 10X παρέχει την δυνατότητα ανάλυσης χιλιάδων μοναδιαίων κυττάρων με σκοπό την δημιουργία ενός προφίλ έκφρασης γονιδίων που επιτρέπει την ανίχνευση μοναδικών μεταγραφών ανά κύτταρο. Η τεχνολογία αυτή αναπτύχθηκε για πρώτη φορά στην Ελλάδα στο ΚεNεΒΙΑ/pMedGR, απαιτεί δε την χρήση ειδικού εξοπλισμού υψηλής τεχνολογίας και τεχνογνωσίας, καθώς και άρτια εκπαιδευμένο επιστημονικό προσωπικό. Η επιστημονική ομάδα που αποτελείται αποκλειστικά από  Έλληνες γιατρούς και ερευνητές, σε μια πρωτοφανή για τα Ελληνικά δεδομένα ανάλυση κλινικών δειγμάτων ασθενών, εισάγει στην χώρα
μεθόδους Εξατομικευμένης Ιατρικής για την αποτελεσματικότερη πρόγνωση και θεραπεία ειδικά ασθενειών όπως η μακροσφαιριναιμία Waldenström που εμφανίζει μεγάλη ετερογένεια μεταξύ των ασθενών.

Σε αυτήν την μελέτη η Δρ. Τίνα Μπαγκρατούνι με τους συνεργάτες της (Τίνα Μπαγκρατούνι, Φωτεινή Ακτύπη, Ουρανία Θεολογή, Μαρία Σάκκου, Κλειώ Μαρία Βέρρου, Νεφέλη Μαυριάνου Κουτσούκου, Δημήτριος Πατσέας, Χριστίνα Λιάκος, Σταματία Σκούρτη, Αλεξάνδρα Παπαδήμου, Κωσταντίνα Ταουξή, Φωτεινή Θεοδωρακάκου, Γεώργιος Κόλλιας, Πέτρος Σφηκάκης, Ευάγγελος Τέρπος, Μελέτιος Α. Δημόπουλος, Ευστάθιος Καστρίτης) πραγματοποίησαν αλληλούχηση RNA σε μοναδιαία κύτταρα (SC-RNA seq), ειδικώτερα σε CD19+ επιλεγμένα κύτταρα από 5 ασθενείς με MYD88L265P και 2 ασθενείς με γονότυπο MYD88WT καθώς και 2 υγιείς δότες. Εντόπισαν διακριτά μεταγραφικά μοτίβα στους κλωνικούς υποπληθυσμούς μεταξύ των δύο γενετικά διακριτών υποομάδων WM, αλλά και μεταξύ ασθενών με MYD88L265P που επηρέασαν τη σύνθεση των Β κυττάρων στις διάφορες υποομάδες. Η σύγκριση των κλωνικών και των φυσιολογικών/πολυκλωνικών Β κυττάρων σε κάθε δείγμα ασθενούς επέτρεψε την αναγνώριση μεταγραφικών αλλαγών που σχετίζονται με τον ασθενή. Επίσης, προσδιόρισαν γονιδιακές υπογραφές ενεργές σε ένα υποσύνολο ασθενών MYD88L265P, ενώ άλλες υπογραφές ήταν ενεργές σε ασθενείς MYD88WT. Τέλος, η ανάλυση γονιδιακής έκφρασης έδειξε κοινά μεταγραφικά χαρακτηριστικά μεταξύ των ασθενών σε σύγκριση με τον υγιή μάρτυρα, αλλά και διαφορικά εκφρασμένα γονίδια μεταξύ ασθενών MYD88L265P και MYD88WT που επίσης εμπλέκονται σε διακριτά μονοπάτια σηματοδότησης συμπεριλαμβανομένων NFκΒ, BCL2 και BTK.